中医与武术同属于中国传统文化的精华，二者间有着密切的联系，少林六合功便强调武医双修、禅拳合一。少林六合功是在中医理论的指导下，练习时分别向前、后、左、右、上、下六个方向,做吐纳导引之式，每一式均有养生与技击之双效。中医学认为，人体自身的变化是随着自然界气候的变化而变化，故天人相应。六合功的练习是为了更好的使人适宜于自然界气候变化的客观规律，以达天人合一，延年益寿之效。
     六合者，天地，东西南北四方，六合归一。这是自然界方位的六合。在少林六合功中，人体自身的六合分内三合与外三合。内三合分别是：心与意合，意与气合，气与劲合，内三合是练功中的一种气血导引状态，以动作、意念、呼吸三者合而为一，使气血在经络中贯通。外三合分别是：肩与胯合，肘与膝合，手与脚合，外三合是练功时肩胯、肘膝、手脚与脏腑对应交叉相合的人体内外八卦的合。在人体脏腑经络中的六合分别是手三阴经与手三阳经相合，足三阴经与足三阳经相合。心中自然，周身自然，内外浑然一体，形神融而为一。